Pirmā skola – Varakļānu tautskola darbību uzsāka 1866. gadā (Neatk. Latvijas laikā tā kļūst par 1. sešgadīgo pamatskolu); 1889. gadā atvēra Varakļānu pareizticīgo draudzes skolu (vēlāk pārdēvēja par 2. sešgadīgo pamatskolu); līdz 1941. gadam darbojās ebreju sešgadīgā pamatskola; pagasta teritorijā ir darbojušās 10 pirmās pakāpes pamatskolas.

1921. gadā Borhu pils ēkā darbu uzsāka Varakļānu Valsts ģimnāzija ar humanitāro novirzienu (atvērta uz pilsētas augstākās pamatskolas bāzes). 

1940. gada 13. jūnijā ģimnāzija saņēma Daugavpils sieviešu arodskolas “Saule” darināto karogu (pēc mākslinieka A.Gusāra meta).

1951. gadā apvienoja divas septiņgadīgās skolas, no jauna izveidoja 2. septiņgadīgo skolu ar krievu mācību valodu.

1957. gadā nodeva ekspluatācijā jauno vidusskolas ēku, tajā izvietojās internātskola ar krievu mācību valodu.

1961. gada janvārī vidusskola pārcēlās uz jaunajām telpām.

1967. gadā nodeva ekspluatācijā vidusskolas piebūvi.

1955. – 2000. g. pamatskolu absolvējis 2191 skolēns, 1925. – 2000. g. vidusskolu absolvējuši 2788 skolēni.

Vidusskolas pastāvēšanas laikā to vadījuši 20 direktori.

Pārkārtojumi, kas notikuši pastāvēšanas laikā:

     ar 1960./61. m. g. – lauksaimniecības novirziens ar ražošanas apmācību;

     60-to gadu vidū – pāreja uz vispārējo izglītību;

     no 1965. gada – vieglatlētikas novirziena vidusskola;

     70-to gadu beigās – pilnīga pāreja uz mācību kabinetu sistēmu;

     1987. gadā – pirmā datorklase rajonā.

Pēdējās desmitgadēs:

1990. gadā zināšanas sāk vērtēt 10 ballu sistēmā.

1992. gadā skolā pastāv izvēles priekšmeti – Latgales literatūra, novada ģeogrāfija u.c.; ticības mācība.

1993./94. m.g. skolu akreditē līdz 2003. gadam.

1994. gadā skola pāriet uz 12 klašu sistēmu.

1995. gadā koris un deju kolektīvi piedalās skolu jaunatnes Dziesmu un deju svētkos Rīgā; ieviests datorzinību kurss vidusskolā; Sorosa fonda projektu konkursā skola iegūst kopētāju; mācību gadā divi semestri.

1996. gadā darbu uzsāk tagadējais skolas direktors Juris Daleckis; nodibinās jaunsargu pulciņš.

1997. gadā pirmā svešvaloda – angļu valoda; aizsākas nometņu kustība, sāk darboties vasaras mācību un atpūtas nometne “Kažaviņa”; svarīgākie notikumi tiek fiksēti “Gada grāmatā”; jauns reģiona mācību priekšmets – militārā apmācība; septembrī tiek iesvētīts skolas jaunais karogs, un notiek skolēniem veltīts dievkalpojums; aizsākts radošs metodiskais darbs projektu nedēļā; ievēlēta skolēnu pašpārvalde.

1998. gadā 5.-9. klašu korim un 2.-4. klašu ansamblim 1. vieta rajonā pašdarbības kolektīvu skatē; pēc vecāku iniciatīvas izveido proģimnāzijas klasi – 7.a; 

vidusskolā piedāvā šādus izglītības blokus: valodu, dabaszinību, vispārizglītotojošo apvienotu ar aizsardzības mācību; ēdināšanu veic privātfirma – V. Šostaka IU; 

D. Zepas projekts par represētajiem – labākais Latvijā; veikti kvalitatīvi klašu remonti par vecāku saziedotajiem līdzekļiem.

1999. gadā skolā ieviesta ieskaišu sistēma; bibliotēka un lasītava – piebūvē; ārpusstundu darbs tiek organizēts projektu veidā.

2000. gadā Varakļānu vidusskolai pievieno pamatskolu; visi skolas mākslinieciskās pašdarbības kolektīvi piedalās skolēnu Dziesmu un deju svētkos Rīgā;

uzsākts komerczinību kurss 10. klasēm; ar vides investīciju fonda atbalstu veiksmīgi realizēts projekts – Varakļānu vidusskolas dzeramā ūdens attīrīšana un notekūdeņu sistēmas renovācija.

1999./2000. m.g., piedaloties novadu un valsts olimpiādēs un izstrādājot zinātniskos darbus, mūsu skola vidusskolu un ģimnāziju reitingā ierindojās 45.vietā valstī.

2001./2002.m.g no valsts investīcijām pabeigts projekts -  skolas pamatēkas jumta un logu nomaiņa un piebūves slīpā jumta uzlikšana.

2006./2007.m.g. uzsākta Varakļānu vidusskolas sporta zāles celtniecība.